Walter Werbeck studierte die Fächer Schulmusik für Gymnasien (1. Staatsexamen), Kirchenmusik (A-Prüfung) und Klavier (Staatl. Prüfung für Musiklehrer) an der Hochschule für Musik Detmold, außerdem Geschichte an der Universität Bielefeld sowie Musikwissenschaft bei Arno Forchert am Musikwissenschaftlichen Seminar Detmold/Paderborn. 1987 wurde er dort zum Dr. phil. promoviert (Dissertation zur deutschen Tonartenlehre in der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts), 1995 habilitierte er sich mit einer Studie über die Tondichtungen von Richard Strauss. 1982 bis 1992 war er wissenschaftlicher Mitarbeiter am Musikwissenschaftlichen Seminar Detmold/ Paderborn, von 1999 bis 2017 Professor für Musikwissenschaft mit einem Schwerpunkt in der Kirchenmusik am Institut für Kirchenmusik und Musikwissenschaft der Universität Greifswald, bei gleichzeitiger Lehrverpflichtung an der Hochschule für Musik und Theater Rostock. Werbeck ist Editionsleiter der Neuen Schütz-Ausgabe, Mitherausgeber des Schütz-Jahrbuchs; Mitglied im Editionsbeirat der Ausgabe der Musikalischen Werke Georg Philipp Telemanns sowie Mitglied im Projektbeirat der Kritischen Ausgabe der Werke von Richard Strauss. Seine Forschungs- und Arbeitsschwerpunkte sind die Musik des 16. und 17. Jahrhunderts sowie Musik des 19. und 20. Jahrhunderts. Besonders zur Musik von Heinrich Schütz und Johann Hermann Schein sowie zu Richard Strauss hat er zahlreiche Studien veröffentlicht, darunter 2014 das von ihm herausgegebene Richard Strauss-Handbuch sowie, gerade frisch erschienen und ebenfalls von ihm herausgegeben, ein Schütz-Handbuch.
